يهدف المكتب العلمي التجديد في الفتوى والدراسات الشرعية ورعاية أهل العلم وتقديمهم للإرشاد والتوجيه الديني.
ويعدّ الدراسات والبحوث التأصيلية التي يحتاجها المجتمع السوري في شتى المجالات.  

1. التجديد في الدراسات الشرعية والفتوى على مستوى سوريا.
2. إعداد الدراسات الشرعية للقضايا ذات الأهمية في الواقع السوري.
3. الاستجابة للاستفتاءات التي ترد للهيئة والرد عليها بشكل مؤصل.
4. تأهيل طلبة العلم وتقديمهم للفتوى والإرشاد.

• أعضاء المكتب العلمي هم ثلة من طلبة العلم والباحثين الشرعيين من السوريين، منهم من لازم كبار العلماء المعاصرين وأخذ عنهم، ومنهم حملة الشهادات الشرعية العليا من الجامعات الإسلامية، ومنهم من يعتمد عليه بعض المفتين المعاصرين في إعداد دراسات الفتوى.           
• ويعتمد هؤلاء الباحثون على جمع المادة العلمية بأدلتها من أمهات الكتب الموثوقة، والرجوع إلى أقوال العلماء المتقدمين والمتأخرين والمعاصرين، ثم يتباحثون المسألة فيما بينهم من جميع جوانبها مع مراعاة الواقع واعتبار الزمان والمكان، مستعينين بالله لإصابة الحق ما أمكنهم. وربما عرضوا الجواب في المسائل الشائكة بعد الانتهاء منه على بعض كبار العلماء للاستئناس بتأييدهم.
• ولعل مما يزيد من قيمة جوابهم على الأسئلة المطروحة أنهم جميعا على صلة وثيقة بالداخل السوري وملابساته مما يجعل تنزيلهم الأمر على الواقع أسد وأحكم.
• وإننا نعتقد أن الإجابات الصادرة عن مراكز بحثية بتضافر جهود مجموعة من الباحثين بمنهجية علمية شاملة ومتوازنة تعتمد على الدليل والتأصيل العلمي أصوب وأسلم وأحكم من تلك التي تصدر عن أفراد المفتين، خاصة وأن المكتبة الإسلامية زاخرة - بحمد الله - باجتهادات أهل العلم من عصر الصحابة إلى يومنا هذا التي يمكن للباحث الرجوع إليها بيسر وسهولة.
• ونظرا لظروف هذه المرحلة وطبيعة بعض الفتاوى رأى المكتب العلمي عدم الإفصاح عن أسماء أعضائه، والحجة في قبول الفتوى للدليل والتعليل الوارد فيها. وهيئة الشام الإسلامية معروفة بحمد الله عند أكثر العلماء والدعاة السوريين.
• وأخيراً فالمكتب يقبل جميع الملحوظات والاستدراكات، ولن يستنكف أن يرجع عن قول ذهب إليه إن تبين خطؤه، والأمر بين الأجر والأجرين والله من وراء القصد وصلى الله وسلم وبارك على نبينا محمد وعلى آله وصحبه والحمد لله رب العالمين