تقوم هيئة الشام الإسلامية بدعم وتنفيذ المشاريع الإغاثية في المحافظات السورية عبر مكاتب فرعية لها ـ لا يتم الإعلان عنها حالياً حرصاً على سلامة القائمين عليها.
كما تدعم المشاريع الإغاثية التي ترفع إليها من المجالس المحلية واللجان الخيرية بحسب الإمكان، ولا تعدّ هذه المجالس أو اللجان ممثلة للهيئة أو فروعاً لها في الداخل.

يسعى المكتب الإغاثي للتخفيف من  معاناة الشعب السوري الإنسانية، وتنظيم وتطوير العمل الإغاثي في سوريا، حيث يقوم بإحصاء الأضرار الواقعة على الشعب السوري، ووضع الحلول والعلاجات المناسبة لها، وطرح مشاريع إغاثية خيرية، ووضع دراساتها وتصوراتها وخطط تنفيذها، وتقديم الخدمات الإغاثية المتنوعة من الإيواء والكساء والغذاء والعلاج. والتعاون مع الجمعيات الخيرية والجهات المانحة في تنسيق الأعمال الإغاثية والإشراف عليها وتنفيذها وإيصال المساعدات لمستحقيها.